Le origini di Mileto, pur ricondotte dal Barrio - storico del '500 - al periodo greco, sono verosimilmente da riportarsi all'epoca bizantina quando la città, conquistata dai normanni, divenne capitale della contea di Ruggero I d'Altavilla. Sono comunque stati rinvenuti i resti di una villa romana del II secolo d.C., risalenti quindi a epoche precedenti.
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La città è sede vescovile fin dall'XI secolo, quando proprio Ruggero I il Normanno ottenne la fondazione dell'episcopato da papa Gregorio VII. La diocesi di Mileto, venne fondata nel 1985 unificando le diocesi delle tre città indicate nell'attuale nome. La diocesi di Mileto fu la prima di rito latino nel Mezzogiorno d'Italia, dopo che il rito greco-bizantino aveva sostituito il rito romano, acquisì notevole importanza nei secoli anche grazie alla sua vastità e ai privilegi fondativi di cui era portatrice.
Dopo il terremoto del 1783 che distrusse l'antica città, la nuova Mileto sorse a circa 2 chilometri a ovest in una terra chiamata "Villa del vescovo". Nel 1799 il cardinale Fabrizio Ruffo vi si fermò per radunare il suo esercito chiamato della "Santa Fede", e da qui si mosse per riportare Ferdinando IV di Borbone sul trono del Regno di Napoli. Il 28 maggio 1807 la cittadina vide lo scontro tra l'esercito napoletano e quello francese che, agli ordini del generale Reynier, vinse la battaglia di Mileto conquistando il dominio della regione per circa un decennio.
L'area occupata dalla città antica appare oggi come una vasta congerie di ruderi. Le scarse risorse economiche disponibili, per le istituzioni preposte alla ricerca e alla tutela, non hanno consentito fino a ora di portare avanti scavi archeologici e letture stratigrafiche degli alzati finalizzate alla comprensione e allo sviluppo della città normanna e prima ancora dell'insediamento bizantino. Le campagne di scavo di tipo scientifico sono state poche e limitate a pochi giorni di intervento (nel 1995 e nel 1999 e in diversi periodi degli anni successivi). In precedenza Paolo Orsi, nel 1916, aveva condotto una breve campagna di scavo durante la quale era stato messo in luce il piano della basilica, che aveva evidenziato la presenza di marmi, colonne e capitelli e cornici decorate da ovoli e fogliame sparsi per tutta l'area circostante. L'area abbaziale, sulla base degli scavi recenti, risulta costruita su un banco di arenaria bianca che, relativamente alla parte indagata, non presenta tracce di costruzioni antecedenti.
Sulla base dei materiali ritrovati è stato possibile stabilire che la pavimentazione dell'importante struttura era stata realizzata in porfido rosso e serpentino verde connessi sicuramente all'attività di spoglio di altri monumenti più antichi. Non sono molti i resti riconducibili alla fase romanica della chiesa, sia perché l'area indagata non è molto estesa ma anche per via del fatto che nell'area sono avvenuti molti cambiamenti. Nonostante la limitatezza del tempo è stato possibile incrementare la conoscenza su alcuni particolari aspetti scaturiti ad esempio dal recupero di diversi frammenti vitrei riconosciuti come i resti delle ampie vetrate di epoca normanna.
Interessanti i reperti ceramici anche se in massima parte si tratta frammenti recuperati genericamente nell'area e quindi decontestualizzati. Vanno ricordate le ceramiche dipinte a bande rosse con motivi decorativi costituiti da spirali oppure da onde, o ancora le cosiddette invetriate monocrome dipinte, che accanto a quelle acrome (prive di decorazione) e da fuoco costituiscono le classi più numerose. Al XII secolo sono riconducibili alcuni frammenti di ceramiche dipinte e invetriate su ingobbio pertinenti a forme quali bacini, coppette troncoconiche ed emisferiche, apode (senza piede) o con piede ad anello. La decorazione è espressa da virgole in rosso alternate da filetti concentrici in nero manganese, oppure da puntini in rosso alternati da filetti lineari sempre in manganese. Anche i motivi zoomorfi (con soggetti animali) sono rappresentati insieme con quelli antropomorfi (figure umane) come ad esempio la coppetta con cavaliere e cavallo dove viene usato anche il colore blu.
Da evidenziare che negli ultimi anni per opera dell'archeologo Francesco Cuteri è ripresa, seppur lentamente, l'attività di scavo nel Parco archeologico, nel frattempo costituito. La maggiore attenzione è stata riservata al momento alla zona relativa all'antico episcopio e alla cattedrale posti all'interno del perimetro cittadino. Notevoli e altamente promettenti sono stati i ritrovamenti fatti nel corso degli ultimi dieci anni con campagne di scavo e sondaggio mirate anche se brevi.
